El Director Ejecutivo: nombrado por el Directorio, representa legalmente al FEPP. Le corresponde el cumplimiento de las resoluciones del directorio, la elaboración de los planes de trabajo, los nombramientos y contratos con el personal que labora en la institución, así como otras atribuciones propias de la dirección.
El Consejo de Coordinación: órgano de consulta, asesoramiento, intercambio y ayuda en la toma de decisiones; es la instancia que reúne a los/as representantes de todos los equipos del GSFEPP. Es el espacio donde se toman las resoluciones operativas más importantes por consenso y de acuerdo a las líneas estratégicas institucionales. Está integrado por el Director Ejecutivo (quien lo preside), el Subdirector, los coordinadores de las oficinas regionales y de los departamentos de la Oficina Central, los coordinadores y gerentes de las empresas, y los asistentes del Director.
La Oficina Central: conformada por el Director, el Subdirector, el Departamento de Asesoría a Regionales y Empresas, el Departamento Financiero, el Departamento de Personal, Secretaría y servicios generales. Coordina el trabajo a nivel nacional.
Las Oficinas Regionales: equipos interdisciplinarios que gozan de autonomía para determinar la cobertura geográfica y los contenidos de su acción, en el marco de los principios, la planificación estratégica, la metodología y el estilo de trabajo definidos por el FEPP, responsables de la ejecución directa del trabajo con las organizaciones campesinas y populares; actualmente son diez. Cada una tiene un coordinador con representación legal delegada.
Las Empresas Sociales: equipos especializados con autonomía operativa o legal para determinar la cobertura geográfica y los contenidos de su acción, en el marco de los principios, la metodología y el estilo de trabajo definidos por el FEPP, que funcionan bajo criterios empresariales, se autofinancian y contribuyen parcialmente al financiamiento del trabajo del FEPP, prestan servicios especializados a los grupos campesinos y urbanos apoyados por el GSFEPP. Cada una tiene su Directorio y un Director o Gerente, representante legal.
